സർപ്പബലി പൂജ പുന്നാംകോണം നാഗരുകാവിലെ പ്രധാന നാഗാരാധനാ ചടങ്ങുകളിലൊന്നാണ്. നാഗദേവതകളായ നാഗരാജാവിനും നാഗയക്ഷിക്കും സമർപ്പിക്കുന്ന ഈ വിശേഷ പൂജ, പരമ്പരാഗത ആചാരവിധികളോടെയും ഭക്തിപൂർവമായ മന്ത്രോച്ചാരണങ്ങളോടെയും നടത്തപ്പെടുന്നു.
സർപ്പബലി പൂജയിൽ നാഗദേവതകൾക്ക് വിശുദ്ധമായി തയ്യാറാക്കുന്ന നൈവേദ്യങ്ങൾ സമർപ്പിക്കുകയും, പ്രാർത്ഥനകളും വഴിപാടുകളും അർപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഈ ചടങ്ങിലൂടെ ഭക്തർ നാഗദേവതകളോട് ക്ഷമയാചിക്കുകയും ദൈവാനുഗ്രഹം പ്രാപിക്കണമെന്ന ആഗ്രഹത്തോടെ പ്രാർത്ഥിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
സർപ്പദോഷ പരിഹാരം, കുടുംബസൗഖ്യം, സന്താനസൗഭാഗ്യം, ആരോഗ്യ-ഐശ്വര്യ പ്രാപ്തി എന്നിവയ്ക്കായി നിരവധി ഭക്തർ സർപ്പബലി പൂജയിൽ പങ്കെടുത്ത് വഴിപാടുകൾ സമർപ്പിക്കുന്നു. പുന്നാംകോണം നാഗരുകാവിലെ സർപ്പബലി പൂജ ആത്മീയ ശാന്തിയും അനുഗ്രഹവും ലഭിക്കുന്ന ഒരു പുണ്യാവസരമായാണ് ഭക്തർ വിശ്വസിക്കുന്നത്.
പുന്നാംകോണം നാഗരുകാവിൽ സർപ്പബലി പൂജഅഞ്ചു വർഷത്തിലൊരിക്കൽ (Once in 5 years) പ്രത്യേകമായി ആചരിച്ചുവരുന്ന ഒരു മഹാചടങ്ങാണ്.