പുന്നാംകോണം ക്ഷേത്രത്തിൽ മുഖ്യ ദേവതയായി പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നത് ബാലദുർഗ്ഗ ദേവിയെയാണ്. ബാലഭാവത്തിലുള്ള ദേവീ സങ്കല്പമായ ബാലദുർഗ്ഗ ദേവി ഭക്തർക്കു കരുണയും സംരക്ഷണവും അനുഗ്രഹവും ചൊരിയുന്ന ദേവതയായി വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.
ക്ഷേത്രത്തിലെ മറ്റൊരു പ്രധാന ദേവതയായി ഭദ്രകാളി ദേവിയെയും ആരാധിച്ചുവരുന്നു. ഭദ്രകാളി ദേവിയെ ശത്രുനിവാരണം, തടസ്സമകറ്റൽ, കുടുംബക്ഷേമം, ആരോഗ്യ-ഐശ്വര്യം എന്നിവയ്ക്കായി ഭക്തർ പ്രത്യേകമായി പ്രാർത്ഥിക്കുന്ന ദൈവിക സാന്നിധ്യമായാണ് കരുതപ്പെടുന്നത്.
ഇതുകൂടാതെ ക്ഷേത്രപരിസരത്തിൽ ശിവൻ, ഗണപതി, മന്ത്രമൂർത്തി, യോഗീശ്വരൻ, ബ്രഹ്മരക്ഷസ്സ് എന്നീ ദേവതകൾക്കും സാന്നിധ്യമുണ്ട്. ഭക്തർ തടസ്സനിവാരണത്തിനും മനസ്സാന്ത്വനത്തിനും ജീവിതത്തിലെ വിജയത്തിനും ഐശ്വര്യത്തിനുമായി ഇവരോടും പ്രാർത്ഥനകളും വഴിപാടുകളും അർപ്പിച്ചുവരുന്നു.
ദേവീ-ദേവ സാന്നിധ്യങ്ങൾ നിറഞ്ഞ പുന്നാംകോണം ക്ഷേത്രം ഭക്തജനങ്ങൾക്ക് ആത്മീയ ആശ്വാസവും ശക്തിയും അനുഗ്രഹവും ലഭിക്കുന്ന ഒരു പുണ്യകേന്ദ്രമായി നിലകൊള്ളുന്നു.